Siły Specjalne Następnej Generacji dowodzone przez elitarny oddział żołnierzy Foxhound przejmują bazę nuklearną na wyspie Shadow Moses. Na wyspie znajduje się tajna broń nuklearna, chodzący czołg, Metal Gear REX. Terroryści biorą zakładników. Roy Campbell, emerytowany pułkownik, wraca do służby, aby dowodzić operacją. Postanawia on zwerbować do akcji Solid Snake'a, który ma się udać na samotną infiltrację wyspy. Jego zadaniem jest uratowanie zakładników, poznanie możliwości terrorystów na atak nuklearny oraz ewentualne zatrzymanie ich, jeśli posiadają taką możliwość.
Kto nie zna tej historii...
